Родился в Нижнем Новгороде, в семье отставного солдата-кантониста. Окончил Петербургский институт гражданских инженеров (1892 г.) и был командирован на государственную службу архитектором в Петербуржский порт. Однако в связи с отказом принять присягу «на верность престолу», был уволен и выслан из столицы в город Кологрив Костромской губернии.
В 1893 году вернулся в Нижний Новгород и устроился архитектором в городскую управу. Занимался работами по реконструкции Дмитровской башни Кремля, принял участие в строительстве ряда сооружений на Всероссийской выставке 1896 года. Первой крупной самостоятельной работой Малиновского стало проектирование здания электростанции, которое одновременно использовалось как вестибюль Похвалинского фуникулёра. Муж Малиновской Елены Константиновны.
В 1900 – 1904 годах по его проекту в Сормове возводится Спасо-Преображенский собор. Из других его архитектурных работ следует в первую очередь отметить клуб инженеров и служащих Сормовского завода (впоследствии Дом пионеров Сормовского района, ныне МБОУ ДОД ДЮЦ "Сормово"), жилой дом для сотрудников завода, расположенный рядом с клубом, и так называемый «Народный дом» на Острожской площади (1903 г.), впоследствии перестроенный под здание Нижегородского театра оперы и балета. В 1908 году переехал в Москву.
После Октябрьской революции возглавлял комиссию Моссовета по охране памятников искусства и старины, работал гражданским комиссаром Кремля. С 1921 года работал в Госплане, затем в различных строительных организациях, возглавлял Управление городского и сельского строительства Комитета государственных сооружений.
В конце 1920-х – начале 1930-х годов состоял в комиссии по стандартизации Совета Труда и Обороны, где занимался выработкой общесоюзных норм и технических условий строительного проектирования. Жил и похоронен в Москве.