Родился в Нижегородской губернии в семье губернского предводителя дворянства Прутченко Михаила Борисовича. Окончил юридический факультет Санкт-Петербургского университета (1890 г.).
В 1890 – 1895 годах состоял при университете, обучался за границей. В 1895 году был избран почётным мировым судьёй Богучарского уезда Воронежской губернии, гласным уездного и губернского земских собраний, а 1898 году – уездным предводителем дворянства, в каковой должности состоял до 1904 года.
В 1906 – 1908 годах – Нижегородский губернский предводитель дворянства. В 1908 – 1913 годах – попечитель Рижского учебного округа. В 1913 – 1914 годах – попечитель Санкт-Петербургского учебного округа. В 1914 – 1917 годах – член Совета министра народного просвещения. Действительный статский советник (1911). После Октябрьской революции жил в Грузии.
Награды: ордена Св. Анны 2-й степени (1901); Св. Владимира 4-й (1906) и 3-й степени (1913); Св. Станислава 1-й степени (1916).